《水污染防治行动计划》提出，到2020年，全国水环境质量得到阶段性改善，污染严重水体较大幅度减少，饮用水安全保障水平持续提升，地下水超采得到严格控制，地下水污染加剧趋势得到初步遏制，近岸海域环境质量稳中趋好，京津冀、长三角、珠三角等区域水生态环境状况有所好转。
为分解落实《水污染防治行动计划》水质目标，环境保护部建立了流域－水生态控制区－水环境控制单元三级水生态环境分区管理体系，逐一明确了1784个控制单元的地理范围和1940个考核断面的水环境目标，其中确定有343个水质需改善的控制单元。这些控制单元中，根据《水污染防治行动计划》水质目标，167个劣Ⅴ类控制单元将全部消除，49个控制单元要求改善到Ⅳ类水体，124个控制单元要求改善到Ⅲ类水体。对其他已达到水质目标的控制单元，水质不能恶化、不能降类。
所涉及的29个省（自治区、直辖市）均已签订了《水污染防治目标责任书》。根据《水污染防治目标责任书》要求，2016年要求改善的控制单元有33个，2017年要求改善的控制单元有45个，2018年要求改善的控制单元有59个，2019年要求改善的控制单元有75个，2020年要求改善的控制单元有131个。
下一步，环境保护部将督促“十三五”期间水质需改善控制单元涉及的有关地方政府抓紧制定达标方案，将治污任务逐一落实到汇水范围内的排污单位，明确防治措施及达标时限，加大水污染管控工作力度，确保水质按期达到目标要求。